Mare de Déu de l'esperança
Mare de Déu dels Dolors
Immaculada
Santíssim Misteri
Mare de Déu del Roser
Mare de Déu del Roser
Santa Maria la Blanca
La fundació del monestir de Sant Joan de les Abadesses, que en els seus inicis era conegut com Sant Joan de Ripoll, es va portar endavant cap el 887 gràcies a la voluntat del comte Guifré el Pilós, amb l'objectiu de deixar-lo sota la direcció de la seva filla Emma, que havia nascut poc abans, cap l’any 884. Amb aquesta finalitat va aportar una església dedicada a Sant Joan, que ja existia l’any 880, quan el mateix Guifré la va lliurar al monestir de Santa Maria de Ripoll. Aquell any de 887 es va consagrar la renovada i ampliada església del monestir, en l’acta es relacionen els importants béns posats a l'abast del nou monestir. Sembla que l'abadessa Emma va prendre el càrrec el 898, un cop havia mort el comte, a l'edat de catorze anys.
L'abadiat d'Emma fou llarg (fins el 942) i va portar un període d'esplendor del centre, quan el seu patrimoni es va incrementar d'una manera important, el que va fer que la seva successió quedés marcada per picabaralles entre els comtats de Barcelona-Osona i Cerdanya pel seu domini. Des de Sant Joan es va impulsar la fundació d’altres esglésies i establiments com ara Santa Maria del Camí (921), posat sota la direcció de Quíxol, germana d’Emma. La segona abadessa (Adelaida, 949-955) era filla del comte Sunyer de Barcelona, la seva successora (Ranlo, 955-962) del comte Delà d'Empúries, a la qual va seguir Fredeburga (962-996), emparentada amb la casa de Cerdanya.
La darrera abadessa fou Ingilberga (996-1017) filla natural del comte de Cerdanya Oliba Cabreta, que posà fi al monestir de benedictines al ser expulsada, juntament amb la resta de la comunitat, a ran d'unes greus acusacions promogudes pel seu germanastre Bernat Tallaferro i que feien referència a la seva conducta moral. Probablement el comte de Besalú Bernat Tallaferro pretenia apoderar-se dels béns del monestir per portar endavant el seu projecte de creació d’un bisbat a Besalú. Sigui com sigui, el 1017 el monestir va quedar extingit i la comunitat es va veure obligada a dispersar-se.
Canònica aquisgranesa
Fou llavors que s'instaurà una comunitat de canonges aquisgranesos sota tutela del comtat de Besalú que s'aprofità de les riqueses de la casa de Sant Joan. Amb això va començar un període d'inestabilitat fomentada des de Ripoll, en aquell moment unit al monestir de Sant Víctor de Marsella, que pretenia imposar una comunitat benedictina com a continuadora de l'anterior. Aquestes pretensions es van topar amb l'oposició de la comunitat canonical, sota la protecció del bisbe d'Osona. Aquests fets van acabar el 1083, amb l'expulsió per les armes dels canonges, que es van veure obligats a buscar la protecció a Vic.
Canònica agustiniana
Els monjos marsellesos ocuparen ràpidament el monestir, però finalment les autoritats eclesiàstiques van retornar el mateix any la casa als canonges expulsats amb la diferència de quedar sotmesos a la regla reformada augustiniana en lloc de l'aquisgranesa.
Comunitat benedictina doble
El 1098 foren expulsats altre cop els canonges i s'hi traslladà una comunitat de monges procedents de Santa Perpètua de Brunyola (Var) i és a partir d'aquest moment quan va començar a anomenar-se Sant Joan de les Abadesses, en lloc de Sant Joan de Ripoll, nom amb que era coneguda fins llavors. Realment es tractava d'una comunitat doble: per una part les monges i per altra els clergues benedictins que la servien.
Canònica agustiniana (restauració)
Aquest estat de les coses es va mantenir fins el 1114, quan el monestir fou restituït als canonges agustinians que s’havien mantingut units però fora del monestir, les dues comunitats benedictines que l'ocupaven es van veure obligades a abandonar-lo. El papa Pasqual II va emetre aquell mateix any una butlla amb el vist-i-plau de la nova situació i sotmetent la casa a la Santa Seu. Aquesta comunitat és la que es va establir d'una manera definitiva al lloc inaugurant un nou període de molta vitalitat. El 1150 es va consagrar una nova església, l’actual. A partir del 1484 el monestir va passar a estar dirigit per abats comendataris, el que agreujà la decadència que s'havia començat a detectar anteriorment. El 1581 la comunitat va desaparèixer de fet i el 1592 la canònica es va secularitzar. El lloc va continuar regit per un arxiprest, fins que el 1856 es va traslladar a l'església del monestir la parròquia de la vila.
El santíssim misteri:
Es data l'any 1251, quan va ser consagrat mitjançant la col·locació d'unes relíquies al cap i a les espatlles de la imatge de Crist. El seu promotor va ser un laic anomenat Dolcet. També hi va participar un canonge del monestir anomenat Ripoll Tarascó.
La denominació de Santíssim Misteri es va difondre a partir de 1426 quan es va trobar una Hòstia incorrupta entre les relíquies amagades a l'interior del cap de Jesús. A partir d'aleshores va gaudir d'una gran devoció popular.
Al segle XVII es van fer diverses reformes a la capella on es trobava, principalment la construcció d'un retaule barroc (destruït durant la Guerra Civil). Més important va ser l'actuació duta a terme al segle XVIII, amb la construcció d'un cambril a càrrec de Josep Morató i Soler. Aquest cambril va desaparèixer arran de les reconstruccions del segle XX, que comportaren la realització d'un nou absis seguint l'estil romànic del conjunt. Només en resta la decoració de guix de la cúpula, traslladada a la capella dels Dolors, on es pot veure actualment.
Va resultar malmès arran de la Guerra Civil. La figura del bon lladre (Dimas) va quedar destruïda i va ser feta de nou l'any 1952 per l'escultor Pere Jou basant-se en fotografies de l'original.
